Državni arhiv u Osijeku ima sljedeće ustrojbene odjele:
- Opći odjel
- Odjel za nadzor i zaštitu arhivskog i registraturnog gradiva izvan Arhiva
- Odjel za sređivanje i obradu arhivskog gradiva javne uprave
- Odjel za sređivanje i obradu arhivskog gradiva pravosuđa
- Odjel za sređivanje i obradu arhivskog gradiva gospodarstva i bankarstva
- Odjel za sređivanje i obradu arhivskog gradiva društvenih službi, osobnih i obiteljskih fondova i zbirke matičnih knjiga
- Odjel za dokumentacijsko-informacijske poslove i knjižnica
- Restauratorska i knjigoveška radionica
